依地籍清理條例規定應清理之土地權利類型分為下列15類，依清查公告時間排序如下：
- 地籍清理條例施行前已依有關法令清理之神明會土地，於該條例施行後仍以神明會名義登記者。（97年7月清查公告）
- 地籍清理條例施行前以神明會以外名義登記或具有神明會之性質及事實者。（97年9月清查公告
- 38年12月31日以前登記之抵押權。（97年9月清查公告）
- 34年10月24日以前之查封、假扣押、假處分登記者。（98年3月清查公告）
- 38年12月31日以前以典權或臨時典權登記之不動產質權、贌耕權、賃借權或其他非以法定不動產物權名稱登記之土地權利。（98年3月清查公告）
- 45年12月31日以前登記之未定期限地上權。（98年3月清查公告）
- 以日據時期會社或組合名義登記者。（98年7月清查公告）
- 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記，現為適用監督寺廟條例之寺廟或宗教性質之法人使用，且能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者。（99年7月清查公告）
- 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記，現為適用監督寺廟條例之寺廟或宗教性質之法人使用，未能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者。（99年7月清查公告）
- 日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理移轉登記或移轉後為日本政府沒入，於地籍清理條例施行時登記為公有土地。（99年7月清查公告）
- 原以寺廟或宗教團體名義登記，於34年10月24日前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者。（99年7月清查公告）
- 土地總登記時登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符者。（99年9月清查公告）
- 各共有人登記之權利範圍合計不等於一者。（100年4月清查公告）
- 非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記者，除神明會、日據時期會社或組合、祭祀公業外。（101年4月清查公告）
- 土地總登記時登記名義人登記之所有權權利範圍空白且現仍空白土地及建物之清理。(105年1月清查公告)
